南洋初创
1895年甲午战败，洋务派大臣盛宣怀提出“自强首在储才，储才必先兴学”的主张和对旧式教育机构进行改革的建议，并得到了清政府的支持。 1896年，盛宣怀在上海筹款议建新式学堂，定名曰“南洋公学”。1897年1月26日(光绪22年12月24日)，盛宣怀创办南洋公学的奏折，得到清廷正式批准。盛宣怀亲自担任公学督办，何嗣焜担任总理。南洋公学初建时，分为四院：师范院、外院、中院和上院，与以后逐步设立的特班、政治班、商务班和东文学堂构成了完整的新式教育体系。
开办工科
南洋公学于1905年划归商部，改名为高等实业学堂；1906年改隶邮传部，更名为邮传部上海高等实业学堂， 1911年，辛亥革命爆发，学校改名为南洋大学堂；1912年中华民国成立后，划归交通部管理，遂更名为交通部上海工业专门学校。在这个过程中，唐文治老校长增设铁路专科（后更名为土木科）、电机专科（后更名为电气机械科）、航海专科，学校就由培养商务为主的人才转而为培养工程技术方面的人才。
定名交大
1920年8月，叶恭绰出任北洋政府交通总长。同年12月，叶以“交通要政，亟需专材”为由，将交通部所属的上海工业专门学校、唐山工业专门学校、北京铁路管
1921年学科设理学校和北京邮电学校合并，改名为交通大学，由叶恭绰兼任交通大学校长。 1921年8月1日，本校正式改名为交通大学上海学校。 1921年，本校学科设置如右：
1922年6月，交通大学奉令改设两校。上海——校名曰“交通部南洋大学”；唐山——校名曰“交通部唐山大学”，各设校长，均直辖于本部。其北京学校各科，分别编入沪、唐两校。
1927年3月，本校开始第三次改组，交通部属的三所学校，上海的南洋大学改称为交通部第一交通大学；唐山大学，改称为第二交通大学；北京交通大学改称为第三交通大学。
1928年11月，学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院，由铁道部长孙科兼任校长。 三十年代交大上海本部院系设置如右图：
1937年8月1日起，交通大学划归教育部管辖，更名为国立交通大学。按照教育部的要求，科学学院改称理学院，机械、土木、电机三学院改称系，合组工学院。
战争烽火
1937年11月12日，日军占领上海，交大校舍被日寇强占，本校不得不多方设法在法租界内维持上课。至1940年由于后方抗战和建设急需工程人才，在重庆小龙坎筹建交通大学分校；后又逐渐扩建、发展，于1942年8月在重庆九龙坡建立国立交通大学本部。重庆国立交通大学在艰难困苦中坚持办学，直至抗战胜利。
1946年8月，日本帝国主义宣布无条件投降。交大渝校和沪校两地的师生们满怀胜利的喜悦，积极复员，会合建校。 1949年5月，上海解放，交大被上海军管会接收，交通大学53年的历史翻开了新的一页。
院系调整
1952年前后，全国高校按照中央决定，仿效前苏联的高等教育模式开始院系调整。院系调整前．交大共设3个院，即理学院、工学院、管理学院，共17个系，即理学院的数学、物理、化学3个系，工学院的土木、机械、电机、航空、造船、工业管理、化工、轮机、水利、纺织等10个系及电信技术专修科，管理学院的运输管理、财务管理、电信管理、航业管理等4个系，此外还设一电信研究所。
1950年8月29日，中央人民政府教育部发文交通大学，将航业管理系并入上海航务学院；1951年6月10日，华东军政委员会教育部通知交大．将运输管理系调入北方交通大学（今西南交通大学和北京交通大学）。
1951年6月12日，华东军政委员会教育部发文对交大院系进行较大规模的调整，管理学院被撤销。
1．电信管理系调整到电机系；
2．工业管理工程系调整到机械系；
3．轮机系调整到造船系，设轮机组；
4．纺织系与私立上海纺织工学院合并成立华东纺织工学院（今东华大学）；
5．运输管理系调整到北方交通大学(已发文)；
6．财务管理系调整到上海财经学院（今上海财经大学）；
7．复旦大学土木系调整到交大土木系。
1952年，交通大学机械、电机、造船三系得到加强，其余院系几乎全部被调出，经过院系调整交通大学成为机械类、电机类、造船类共设7个系的多科性工科大学。从交通大学调整到其他学校的系科有：
理学院的数学系、物理系、比学系三系的师资、设备除留下工学院教学所需之外全部调整到复旦大学，部分师资调整到华东师范大学。自此，交通大学理学院撤销。
土木工程系全部调整到同济大学；航空工程系全部调整出去合并成立华东航空学院；水利工程系全部调整出去合并成立华东水利学院，化学工程系全部调整出去合并成立华东化工学院。
1954年，交大汽车专业调整到长春，合并成立长春汽车拖拉机学院。1956年暑假，交通大学造船系从交大分出，独立为上海造船学院；交大电讯系电话电报通讯专业调整到成都合并成立成都电讯工程学院。
大树西迁
1955年，由于东南沿海局势紧张，党中央、国务院决定交通大学由上海全部迁往西安。1956年起，交大师生在校长彭康率领下，积极响应国家号召，踊跃承担历史使命，开展迁校工作。1957年，由于国际形势趋于缓和，根据交通大学的实际情况和上海、西安两地的建设需要，国务院决定交通大学的大部分科系师生、档案文献、图书典藏迁往西安，作为交通大学的西安部分；小部分留在上海并与原上海造船学院及筹办中的南洋工学院合并，作为交通大学的上海部分，两部分为一个学校，一个系统，统一领导。
1959年3月，中央确定了第一批重点建设的大学，交通大学的西安、上海两个部分均列为全国十六所重点大学之一。由于交大西安、上海两部分都有了很大的发展和提高，加上距离较远、管理不便，国务院于1959年7月批复交通大学在西安、上海两地独立建校。交通大学西安部分定名为"西安交通大学"，原交通大学校长彭康被任命为西安交通大学校长。
重点建设
八十年代初，西安交通大学成为“七五”、“八五”期间重点建设的五所大学之一；
九十年代初，西安交通大学成为“211工程”重点建设的首批七所大学之一；
1999年9月，西安交通大学成为“985工程”重点建设的首批九所大学之一。
2000年4月经国务院批准，原卫生部所属西安医科大学、中国人民银行所属陕西财经学院与西安交通大学实现合并。
院系设置
西安交通大学二级学院 序号 学院名称 序号 学院名称 序号 学院名称
01 西安交通大学电气工程学院 02 西安交通大学机械工程学院 03 西安交通大学理学院
04 西安交通大学能源与动力工程学院 05 西安交通大学电子与信息工程学院 06 西安交通大学法学院
07 西安交通大学航天航空学院 08 西安交通大学材料科学与工程学院 09 西安交通大学软件学院
10 西安交通大学人居环境与建筑工程学院 11 西安交通大学生命科学与技术学院 12 西安交通大学医学部
13 西安交通大学经济与金融学院 14 西安交通大学公共政策与管理学院 15 西安交通大学管理学院
16 西安交通大学人文社会科学学院 17 西安交通大学金禾经济研究中心 18 西安交通大学外国语学院
19 西安交通大学前沿科学技术研究院 20 西安交通大学数学与统计学院 21 西安交通大学戏曲学院
22 西安交通大学化学工程与技术学院 23 西安交通大学马克思主义学院 24 西安交通大学可持续发展学院
25 西安交通大学体育中心 26 西安交通大学信息与通信技术研究院 27 西安交通大学研究生院
28 西安交通大学研苏州研究院 29 西安交通大学国际教育学院 30 西安交通大学网络教育学院
31 西安交通大学继续教育学院 32 西安交通大学馥莉食品科学与工程学院
现任校长：王树国
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