2002年春夏之交，在一次由时任教育部长陈至立同志召集几个京津两地高校主要领导召开的小型座谈会上，传达了当时中央主要领导和分管教育的领导对高等教育的一些重要指示，其中一个问题讲到，凡是没有创办独立学院的“985”高校要为党和国家，要为老百姓的实际需求，积极地承担起这份责任，创办独立学院，而且要力量强。这是中央整体分析社会发展形势和就业形势、高等教育整体形势后，为了满足社会增长的需求而提出的一项解决社会问题的重要措施。
面对国家的走向和南开大学的定位，2002年4月份左右形成了在原有南开大学职业技术学院的基础上积极寻求社会力量办学，创办南开大学独立学院的意向。先后这一年多的时间
南开大学滨海学院里，跟十几家合作单位进行了洽谈，最终在原大港区委、区政府的支持下，决定原大港区政府以港容公司的名义跟南开大学合作创办南开大学滨海学院，当时把学院命名为南开大学伯苓学院，意在纪念我国近代民办教育的先驱者、南开学校的创办人、著名的爱国教育家张伯苓先生。
2003年1月11日南开大学、大港区政府在大港宾馆举行《合作建设南开大学伯苓学院筹建方案》和《合作建设南开大学伯苓学院协议书》、《关于对南开大学伯苓学院实施股份制管理的协议书》的签字仪式。南开大学校长侯自新、大港区区长陈玉贵分别代表合作双方在协议书上签字。
南开大学党委书记薛进文、大港区委书记只升华、天津市教委副主任马建标出席了签字仪式并讲话。学院为股份制合作办学实体，具有独立法人资格，独立承担民事责任，不列入南开大学正式建制。南开大学以学校品牌和教育资源等无形资产入股，负责学院学生的教学和日常管理，大港区政府提供1000亩土地，大港区港容城市环境开发有限公司等企业投资建设8万平方米的办公用房和基础设施。学院在教学和管理上依托南开大学，并在图书网络、远程教育等方面与南开大学实行资源共享。2004年校舍建设基本完成，学院首届学生入，这一届学院招收的新生，毕业证书办法的是学院的毕业证，改发独立学院的证书。学士学位证书还是由校本部发放。从2008年起由南开大学滨海学院自授毕业证学位证。
院系设置
计算机科学系 数字媒体技术 4年 工学
数字媒体技术（数字影视动画技术与应用方向） 4年 工学
计算机科学与技术（数字仿真与游戏设计方向） 4年 工学
电子科学系 电子信息科学与技术(电子信息工程方向) 4年 工学
电子信息科学与技术（物联网工程方向） 4年 工学
通信工程 4年 工学
电子信息科学与技术 4年 工学
环境科学与工程系 环境科学 4年 理学
环境工程 4年 工学
应用数学系 数学与应用数学（金融数学与金融工程方向） 4年 理学
经济管理系 双学位班（国际经济与贸易和物流管理） 4年 经济学、管理学
双学位班（金融学和财务管理） 4年 经济学、管理学
ACA实验班 4年 管理学
市场营销 4年 管理学
工商管理（拍卖与典当方向） 4年 管理学
工商管理（期货交易与管理方向） 4年 管理学
财务管理 4年 管理学
物流管理 4年 管理学
国际经济与贸易 4年 经济学
信息管理系 信息管理与信息系统 4年 管理学
工业工程 4年 工学
法政学系 法学（律师方向） 4年 法学
行政管理（电子政务方向） 4年 管理学
行政管理（心理健康咨询与教育方向） 4年 管理学
行政管理（人力资源管理方向） 4年 理学
公共事业管理 4年 理学
应用心理学（人力资源管理方向） 4年 理学
应用心理学（心理健康咨询与教育方向） 4年 理学
外语系 英语（外经贸翻译方向） 4年 文学
英语（涉外文秘方向） 4年 文学
英语（金融学方向） 4年 文学
日语（外经贸翻译方向） 4年 文学
双学位班（国际经济与贸易和英语外经贸翻译） 4年 文学、经济学
金融学系 金融学 4年 经济学
金融工程 4年 经济学
保险 4年 经济学
金融学中美国际班 4年 经济学
艺术系 广告学 4年 文学
环境艺术设计 4年 文学
平面设计 4年 文学
服饰与服装设计 4年 文学
雕塑 4年 文学
色彩系统设计 4年 文学
服饰与服装设计（专接本） 4年 文学
生物学系 生物科技 4年 工学
现任校长：龚克
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